暗箱操作的是新华制药大股东“山东新华医药集团有限责任公司(下称“新华集团”)和法人股股东“中国医药科技出版社”。此前，中国医药科技出版社是新华制药1993年定向募集发行时的法人股股东，持有新华制药47万股，占股本总数的0.11%。

　　2007年2月27日，新华集团与中国医药科技出版社间签署《股权转让协议》，新华集团拟以每股1.5元价格受让后者持有的所有新华制药股份。而当时，新华制药股改实施尚未达到一年时间，因此，这一操作违反了新华制药股权分置改革中关于“持有股份自获得上市流通权之日起，一年后方可转让或通过证券交易所挂牌交易”的规定和中国医药科技出版社在股改说明书中所做的承诺。

　　而让人想不到的是，股权受让协议签署后，新华集团没有办理股份过户手续，也未按《上市公司收购管理办法》的规定履行报告、披露、要约收购义务，更没有向中国证监会提出豁免要约收购义务的申请。

　　而上述操作，新华制药却一直处于不知情的状态。同时，由于新华集团未按照《股权分置改革保荐协议》的约定将受让股权事宜及时通知新华制药股改保荐机构——海通证券(57.96,1.24,2.19%,股票吧)，导致海通证券未能核查到《股权转让协议》的签署事项，同样也对事件一无所知。

　　违规操作经历了半年多后，“窗户纸”直到去年末才被捅破。目前，中国医药科技出版社已经通过二级市场完全抛空了所持的47万股股份，截至去年12月6日的查询情况，其已不再是新华制药的股东。

　　而在接连收到深圳证券交易所公司管理部的发函后，新华制药2007年12月10日方才知道上述事件。